O Filho de Mil Homens acompanha Crisóstomo (Rodrigo Santoro), um pescador solitário no auge de seus 40 anos que carrega dentro de si a culpa por não ter conseguido ser pai. Na procura de um filho sem pai, já que ele mesmo é um pai sem filho, Crisóstomo esbarra com Camilo (Miguel Martines), um garoto órfão de apenas 12 anos de idade. Logo, eles iniciam juntos uma jornada arriscada, mas recompensadora, de formar uma família nada convencional. No povoado onde vivem, um jovem incompreendido chamado Antonino (Johnny Massaro) e uma mulher fugindo da própria dor chamada Isaura (Rebeca Jamir) cruzam o caminho de Crisóstomo e Camilo. Juntos, os quatro aprendem o verdadeiro significado de família e o propósito de compartilhar a vida.